广东省农业科学院蔬菜研究所研究员李俊星团队与华中农业年夜学传授孔秋生团队互助，乐成组装了中国南瓜端粒到端粒（T2T）高质量基因组，并基在该基因组构建高密度遗传图谱，展现了果实主要性状的遗传调控机制。相干结果近日发表在《园艺研究》（Horticulture Research）。
基因组质量评估。研究团队供图 南瓜是全世界主要的葫芦科蔬菜作物，顺应性好、抗逆性强，是以栽培广泛。其果实养分价值高、货架期长，于保障食物及养分安全方面阐扬主要作用。南瓜果其实外形、巨细、果肉厚度等性状上体现出极为富厚的表型多样性，但高质量参考基因组的缺少限定了南瓜果实性状的遗传解析和相干份子育种。
研究以焦点种质YGX2019为质料，综合应用PacBio HiFi、ONT ultra-long、Illumina和Hi-C测序技能，得到巨细为289.6 Mb、Contig N50达11.2 Mb的T2T基因组。比拟初期二代测序参考基因组，新版本增长了42.6 Mb序列，此中91.96%为转座子为主的反复序列。进化阐发注解，南瓜属与冬瓜族分解后约26.34百万年前，发生了一次南瓜属独有的全基因组复制事务，该事务可能为南瓜年夜型肉质果实的发育及生殖断绝提供了遗传基础。
使用品质和果形差异显著的两个高代自交系构建遗传群体，绘制了包罗7213个bin标志、总长2538.27 cM的高密度遗传图谱。针对于果形、糖/淀粉含量等20个果实焦点性状，定位到165个QTLs，并对于节制果形及果肉厚度的两个主效QTL开发了慎密连锁份子标志，鉴定出要害候选基因β-tubulin及AUX/IAA。
该研究结果为南瓜果实性状的份子标志辅助选择及基因组编纂育种提供了主要理论依据及基因资源。
相干论文信息：https://doi.org/10.1093/hr/uhag141
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