华南农业年夜学农学院传授王少奎团队联袂广东省农业科学院水稻研究所副研究员胡海飞，乐成构建首个AI驱动的植物基因组数据库DeepPGDB。该体系经由过程交融多个语言模子、采用QLoRA微调技能、应用检索加强天生与提醒工程要领，创始了“天然语言交互式基因组阐发”的全新范式。相干结果近日发表在《植物通信》（Plant Co妹妹unications）。
DeepPGDB架构示用意。研究团队供图 ?
已往10年，组学技能迅猛成长。于植物科学范畴，超1000个物种完成染色体级另外高质量基因组解析，水稻、拟南芥等模式植物更是率进步前辈入群体基因组时代。然而，海量数据暗地里，浩繁有生物学配景的研究者却堕入阐发困境。传统研究要领要求研究者精晓生物信息学东西、纯熟号令行操作和繁杂数据处置惩罚流程，这成为跨范畴研究的庞大拦阻。跟着天生式年夜语言模子取患上冲破，科研范式发生底子性厘革，DeepSeek等年夜模子为研究者提供智能数据处置惩罚助手，AI智能体的呈现也让基因组数据库智能化成为可能。
DeepPGDB的焦点立异于在其智能调理架构。该体系能精准理解用户以天然语言提出哀求的真实用意，主动判别使命类型并挪用响应东西。不管是基因组序列检索、BLAST比对于、基因定位查询，还有是基因家族阐发，用户只需于对于话框输入问题，AI引擎就会主动天生尺度化操作指令，于后端完成数据提取与处置惩罚，终极以对于话情势返回布局化成果。体系还有尤其设计了多解释版本适配机制，可智能辨认基因ID、基因名称等差别编号系统，有用解决了基因名称标识难题。
除了基础查询功效外，DeepPGDB还有配备强盛的可视化引擎。该引擎集成ECharts动态图表体系，撑持基因表达谱可视化、富集阐发交互展示等高级功效。于群体遗传学阐发方面，体系整合PLINK东西，可直接处置惩罚群体基因组变异数据。研究团队推出的su妹妹arize模块，能基在检索成果举行多步生物学推理，如解析水稻亚种单倍型分三木SEO-解纪律、计较基因卵白理化性子等，真正实现从“数据查询”到“常识发明”的超过。
于模子选择上，经严酷测试，团队终极选定14B参数推理模子作为体系焦点模子，于包管用意辨认正确率的同时，实现了最优相应速率，且部署门坎较低。经由过程怪异的微调方案，体系于长提醒词及短提醒词两种模式下均能连结卓着机能。
DeepPGDB的上线，为研究者提供了高效阐发东西，将成为鞭策农业立异、物种掩护及生物技能成长的主要引擎。将来，团队将连续拓展物种数据资源，深化多组学整合能力，完美智能推理框架。
相干论文信息：https://doi.org/10.1016/j.xplc.2025.101494
DeepPGDB拜候信息：https://www.deeppgdb.chat
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